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Xenium 技術通過對切片的原位核酸探針雜交，加上依賴 mRNA 的 DNA 連接反應，把 DNA 探針吸附到切片上目標 mRNA 所在的位置。通過對探針的滾環復制，增加可雜交的位點。再通過多輪的多色熒光標記寡核苷酸對樣本進行雜交，用顯微熒光掃描儀記錄下每一輪的空間熒光信號。通過多輪的空間熒光信號的顏色信息，檢測出目標 mRNA 在空間上的分布。